话说金轮国奸妃(叶玉卿)与表哥欧阳锋(梁朝伟)有染，遂先下手为强，杀国王取玉玺，以图霸占江山。久战后，欧阳锋打伤保管玉玺的三公主(林青霞)，但始终被她逃脱。经胡涂国师(张曼玉)查得三公主下落，欧阳锋即乘火箭金靴追赶，却误脱落一靴插死刚出关的王重阳(钟镇涛)，三公主适逢路过，王恳求她找其师弟周伯通(刘嘉玲)代为报仇。 三公主得九宫真人指点，并由真人徒弟黄药师(张国荣)陪同往取九阴真经，以复国报仇；却惹来小师妹(王祖贤)妒忌。
　　二人取经失败，在大东客栈与段王爷(梁家辉)相遇，原来段王爷与三公主自幼谊亲，但他乃罗汉托世，要断绝情爱，并找得真心人才能成仙。其后，周伯通赶来，误以为三公主杀其师兄，后因练“三花聚顶”走火入魔，神志不清，三公主假扮成王重阳，使得周伯通重新振作起来，继续寻找凶手。段王爷发现黄药师乃梦寐以寻的真心人，最后假扮三公主引东邪说声“我爱你”而得偿所愿。 一群人在丹霞山上交手后，欧阳锋得到了九阴真经回国修炼，大家在国师的带领下与其决此一战，最后在已成仙的段王爷帮助下，打败了欧阳锋。
　　本片除了几个主要角色的名字外，基本上与金庸原著的“射雕英雄传”无关。